如今，全世界所有人都在使用的智能手机应用。那里潜藏着无人知晓的存在·应用怪兽，通称“应用兽”。应用兽是能够自主思考行动的人工智能的应用生命体，在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。

但是，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦”化作病毒控制了应用兽们，并开始黑入各个系统，企图从网络一侧控制人类的世界。

主人公少年·新海春，获得了被伟大的意志引导的“应用驱动”，并使来自“应用芯片”的搜索应用·盖奇兽实体化了。

隐藏在“应用驱动”中的谜团，处在应用兽所潜藏的网络世界与现实世界之间的不可思议的“场”，以及2只应用兽进化的“应用合体”到底是什么？“利维坦”真正的目标究竟是…！？