最初的冒险在现实世界展开，然而数码世界四圣兽之一的朱雀兽为了保护他们的进化之光，不断派遣帝魔（十二只以中国生肖为原型的数码兽）来到现实世界，而后又把握有数码兽进化关键的古乐兽带走，启人一行人为了救它，带了博和、树莉以及健太，决定进入数码世界。在数码世界中，启人一行人又遇到了传说中的驯兽师——秋山辽。而后又遇到了被传送至数码世界的健良的妹妹——李小春。他们8个人在得到了四圣兽的认可后，带着古乐兽回到现实世界，然而，数码世界中“最强的敌人”——可以消除一切的数码死神侵略了现实世界，现实世界面临消失的危机，启人一行人经历了无数战斗，终于成功消灭了数码死神（帝厉魔)，拯救两个世界的危机。